Des œuvres d'art religieux réputées, comme la danse macabre et le trésor de la cathédrale, mettent un accent particulier sur l'époque avant la Réforme. Au sous-sol, l'exposition «Les chemins de la connaissance du monde» présente la vie quotidienne et le monde imaginaire du Moyen Âge, avec des tapisseries médiévales bâloises hautes en couleurs, ainsi que des collections de la Renaissance à l'époque baroque, en particulier un grand cabinet de curiosités reproduisant l'univers en miniature. Le riche héritage archéologique de la région, qui remonte jusqu'aux Celtes, est également présent avec d'autres précieuses collections culturelles comme le cabinet des monnaies et le butin bourguignon.
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